Поради ограничения достъп до Беласица в близкото минало са се запазили уникални гори, флора и растителност, незасегнати пряко от човешката дейност. Особен интерес представляват вековните кестенови гори. Кестеновите гори в Беласица се различават от тези в северната част на Балканския полуостров по присъствието на редица средиземноморски елементи като източен чинар, дървовиден плюскач, храстовдна зайчина, гръцки гърбач, храстовиден жасмин, което ги прави уникални за Европа. Флората на Беласица е съставена от около 1200 растителни вида, което е приблизително 1/3 от флората на България. Общо на територията на Беласица са установени 102 вида с високо консервационно значение, от които 24 вида са защитени от Закона за биологичното разнообразие, 25 са балкански ендемити, 2 – български, а 29 са защитени по силата на Конвенцията за международна търговия със застрашени видове от дивата флора и фауна.