Южното разположение на Пирин, варовиците от които е изграден, близостта и влиянието на Средиземноморието както и относителната му изолираност са част от факторите определящи уникалността на пиринската растителност.

Пирин е едно от основните формообразуващи огнища на ендемизма в България.Варовиковите части на Северен Пирин се богати на млади ендемични видове, като йордановото зеле (Brassica jordanoffii), борисовата ела (Abies borisi-regis) и пиринският мак (Papaver degenii).Повечето от ендемичните видове са с локално или тясно регионално разпространение.

Горите заемат едва 38% от територията на парка, като от тях на широколистните се падат само 3%.Така,че характерния вид на Пирин се определя от голите му слалисти върхове и старите мурови и борови гори, преминаващи в горната си част в обширни клекови масиви.

Субалпийския пояс е разположен между 2000 и 2500 м. и за него са характерни клека, сибирската хвойна, черната боровинка, както и консервационно значимите видове – петниста тинтява, емпетрум,пирински девисил и йорданово зеле.

Алпийския пояс ( 2500 – 2914 м.) обхващащ величествените пирински върхове впечатлява със пиринския мак, еделвайса и мрежоволистната върба.

Общо във Пирин се срещат 1100 таксона растения от които 70 вида са ендемични.

Лечебните растения са важна част от флората на Пирин. На територията на парка се срещат 130 вида, най-характерни от които са мащерката,боровинката, тинтявата и лопена. 13 вида лечебни растения са защитени, а 15 със специален разим на стопанисване.

Макромицетите са преставени в парк “Пирин” от 210 вида.