Особеното разположение на Пирин, разнообразния релеф и растителност определят многообразието на фауната му.

Само на територията на парка се срещат 2 861 безгръбначни вида и 218 вида гръбначни животни.

Голяма част от безгръбначните видове имат консервационна значимост – 122 вида са ендемични,162 – реликтни и 298 редки ( стенобионтни) таксона. 17 вида са включени в Световни и Европейски Червени списъци.

Запазването на техните застрашени популации налага не толкова защитата на отделния вид, а съхраняването на местообитанията им в ненарушен вид.

Гръбначните животни включват 6 вида риби,18 вида земноводни и влечуги, 152 вида птици, 15 вида дребни бозайници,14 вида прилепи и 14 вида едри бозайници.

Ендемизма сред гръбначните животни е нисък, тъй като територията на планината е много по-малка от ареалите на повечето видове.

Въпреки това в Световната Червена книга са включени гръцката костенурка, голям нощник, вълк и пъстър пор. Сред застрашените бозайници и птици са кафявата мечка, вълкът, златката, дивата котка, дивата коза, скалния орел, глухарят, бухалът,черния и пъстрия кълвач.

Наред с еделвайса дивата коза е една от емблемите на Пирин.